综合日本时事通讯社等媒体5日报道，由于灾情十分严重，日媒纷纷形容此次暴雨为“50年一遇”。为此，日本政府5日设置了非常灾害对策本部，首相安倍晋三在首次会议上表示，“对受灾者的细致支援是当务之急”，并将设置跨政府部门的“受灾者生活·重建支援队”，协助应对灾情。
另一方面，日本国土地理院在5日公布了球磨川沿岸的浸水推测图。结果显示，在熊本县球磨村，浸水深度最大可达8至9米。其中最深的是球磨村的JR渡站周边，此次遭受严重水患的养老院“千寿园”就位于附近地区。目前，工作人员仍在进行园内老人的救助工作，但由于连接千寿园与人吉市区的国道219号也被水淹，所以整个搜救工作也受到不小影响。
此外，人吉市一家公交车公司也遭到洪水侵袭，停车场内的23辆公交车被泡在1.8米高的水里，有可能全部报废。该公司运营的15条公交车路线均已暂停行驶，并将向其他部门调来车辆支援，以期几天后能恢复部分线路正常运营。
当地时间4日，日本九州地区受梅雨锋面停留影响出现强降雨，熊本县和鹿儿岛县多地发生山体滑坡。目前，日本气象厅已针对熊本县和鹿儿岛县部分地区发布大雨特别警报，并要求两县10个市町村的数万人离家避难。